Коллекция насчитывает более 2070 единиц хранения. При формировании используется комплексный подход, позволяющий широко представить биоту Мирового океана.

Биология goskatalog.ru Коллекция, насчитывающая более 2070 единиц хранения, начала формироваться как часть естественно-научной коллекции, в основу которой лег тематический принцип комплектования. Например, при создании экспозиционных комплексов на НИС «Витязь» подбирались предметы, помогающие воссоздать атмосферу лабораторий. В настоящее время используется комплексный подход, позволяющий собирать как типичные предметы, систематизированные по таксономическим категориям, так и предметы по темам, которые способствуют всестороннему представлению биоты Мирового океана. Читать полностью Ботаническая часть коллекции (123 единицы) представлена в основном собранием плодов тропических растений, среди которых присутствуют образцы, привезенные из портов заходов НИС «Витязь». Гербарные образцы и влажные препараты водорослей-макрофитов представлены в основном сборами Черного, Балтийского и Белого морей. Зоологическая  часть (более 1950 единиц) включает таксидермические скульптуры, влажные препараты, остеологические образцы, дериваты. Таксидермические изделия представлены 134 образцами, среди которых наиболее ценными являются скульптуры морских млекопитающих: белого медведя Ursus maritimus, серого тюленя Halichoerus grypus, северного морского котика Callorhinus ursinus, пестрой нерпы Phoca largha, кольчатой нерпы Pusa hispida, а также таксидермические изделия (шкуры ээкзотических и редких животных — амурского тигра, леопарда, снежного барса, носорога и др.). Собрание таксидермических скульптур активно пополняется благодаря сотрудничеству с Калининградским зоопарком, БФУ им. И. Канта, Национальным парком «Русская Арктика» (г. Архангельск), ассоциацией «Морское наследие». Большая часть остеологических образцов в музее имеет отношение к теме «Морские млекопитающие». Самые ценные остеологические образцы — скелет головы косатки Orcinus orca, скелет головы малого полосатика Balaenoptera acutorostrata, скелет тихоокеанского моржа Odobenus rosmarus, череп белого медведя Ursus maritimus. Наиболее ярким образцом является полный скелет самца кашалота Physeter macrocephalus длиной 16,8 м, который был добыт в 1975 г. в последнем 15-м рейсе АКФ «Юрий Долгорукий» китобойным судном № 65 «Способный». Скелет до 1993 г. находился в АтлантНИРО. В 2001 г. сотрудниками АтлантНИРО В. В. Суховершиным, Б. А. Леоновым, И. Е. Филатовым была завершена реставрация скелета и выполнен его монтаж в павильоне музея.  Интересна также коллекция челюстей и зубов акул, собранная научным сотрудником АтлантНИРО Ф.Ф Литвиновым, большая часть которой представлена на выставке «Челюсти». Остеологическая коллекция является наиболее активно комплектуемой. Источники комплектования различны: экспедиционные сборы, пожертвования от членов общественной организации Совет по морским млекопитающим (г. Москва), закупки и сборы при посредничестве ЧукотТИНРО (г. Анадырь). Уникальным является собрание влажных препаратов глубоководной и гидротермальной фауны, демонстрирующее 29 видов беспозвоночных животных. Коллекция была сформирована к.б.н. Л.И. Москалевым, старшим научным сотрудником лаборатории донной фауны Института океанологии РАН им П П. Ширшова. Все образцы имеют подробное описание с указанием точного времени, координат, глубины. Среди  наиболее интересных экспонатов — кальмар Гумбольдта. Он  был передан в музей научным сотрудником АтлантНИРО к.г.н А.В. Ремесло, а изготовлен научными сотрудниками АтлантНИРО Е.И. Кукуевым и В.В. Суховершиным В.В. в мае 2008 г. Научной ценностью обладает и коллекция влажных препаратов рыб семейства миктофовые (46 единиц). Коллекция была сформирована из проб, полученных в рейсах на НИС «Профессор Водяницкий» в  1980 и 1984 гг., обработка произведена в Институте Морских Биологических исследований (г. Севастополь). Из последних интересных поступлений биологической коллекции можно отметить анатомические препараты приготовленные методом пластинации из дериватов морских млекопитающих — сердце серого кита Eschrichtius robustus и тихоокеанского моржа Odobenus rosmarus, белухи Delphinapterus leucas. Сердца были подготовлены в ООО «Международный морфологический центр» (г. Санкт-Петербург) под руководством к.м.н Старчика Д.А. Метод пластинации позволяет фиксировать уникальные объекты живой природы длительное время, обеспечивать эстетичный вид и хорошую сохранность. Основными партнерами по комплектованию биологической коллекции музея выступают Балтийский федеральный университет им. И. Канта, Атлантический научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии (г. Калининград), Совет по морским млекопитающим (г. Москва), Институт океанологии РАН им П.П. Ширшова РАН (г. Москва), Атлантическое отделение Института океанологии им П.П. Ширшова РАН (г. Калининград), Калининградский зоопарк, Чукотский филиал ТИНРО-Центр — ЧукотТИНРО (г. Анадырь), Институт морских биологических исследований (г. Севастополь), национальный парк «Русская Арктика» (г. Архангельск). Голотурия.Влажный препарат Elpidia hanseni Belyaev, 1971 Семейство Elpidiidae Эльпидиевые НИС «Витязь», 1966 Курило-Камчатский желоб Глубина 9520 – 9530 м 40 x 8 мм Кальмар Гумбольдта.Влажный препарат Dosidicus gigas d'Orbigny, 1835 Класс Cephalopoda Головоногие моллюски Семейство Ommastrephidae Оммастрефиды Барк "Крузенштерн", 2008 Тихий океан, юго-восточное побережье Чили Глубина  –  70 м 110 x 50 x 25 см Эмбрион кашалота.Влажный препарат Physeter macrocephalus Linne, 1758 Семейство Physeteridae Кашалотовые АКФ «Юрий Долгорукий» D   1,6 см, L    16 см Предположительно возраст зародыша 1– 2 месяца Чернобровый альбатрос.Таксидермическая скульптура Diomedea melanophris, Temminck ,1828 Семейство Diomedeidae Альбатросовые 24-й рейс НИС «Атлантида», 2000 г. о. Южная Георгия Такседирмист –   Целовальник  Н.И. 86 x 210 см Собрана к.б.н., ст. научным сотрудником АтлантНИРО Литвиновым Ф.Ф. Усатая эхиостома Echiostoma barbatum Lowe, 1843 Семейство Стомиевые Stomiidae 26 х 4 х 2,8 см Ус гренландского кита Balaena mysticetus Семейство Balaniedae Гладкие киты Добыт в 2013 г. Чукотский полуостров L   340 см Челюсти акулы-молот Sphyrna mokarran Rüppell, 1837 Семейство Sphyrnidae Молотоголовые акулы Западная Африка, прибрежная зона Атлантического океана 48 x 54 x 12 см Вестиментифера Zencevitchiana longis Ivanov, 1957 НИС «Витязь». 1957 Тихий океан, Курило-Камчатская впадина Глубина 9000  –  9050 м Станция № 2217, 44°.08´ N 150°.52´Е 120 х 150 мм Рыбы-топорики Argyropelecus affini Valenciennes, 1850 Семейство Sternoptychidae Топориковые 7,5 х 5 х 1 см;  5,5 х 3,5 х 0,8 см; 4,5 х 3,5 х 0,6 см Сердце серого кита Eschrichtius robustusПластинированный анатомический препарат, 2014 Материал натуральный, пластинация 39 х 34 х 30 см Зуб кашалота Physeter macrocephalus Linne, 1758Семейство Physeteridae КашалотовыеАКФ «Советская Россия», 1970о. ЧатемL 26 см, D 7 см, вес 1578 гр Миссисипский Панцирник Atractosteus spatula Lacépède, 1803Семейство Lepisosteidae ПанцирниковыеСША, Техас, р. Тринити 2010 г.Таксидермист – Кулешов М. 26,0 х 119 х 46 см