Основное достижение музея – создание Набережной исторического флота в г. Калининграде, у причала которой ошвартованы: научно-исследовательское судно «Витязь»; судно космической связи «Космонавт Виктор Пацаев»; музейная подводная лодка 641 проекта «Б-413»; средний рыболовный траулер «СРТ-129». С 12 февраля 2004 года филиалом Музея Мирового океана в г. Санкт-Петербурге стал ледокол «Красин», который является памятником истории судостроения федерального значения с 1992 года. Кроме того, музей располагает уникальной археологической находкой «Корабль XIX века», подводными обитаемыми аппаратами «Пайсис» и «Тетис», яхтой 1950-х годов «Фольксбот», гидрографическим катером, шлюпками барка «Крузенштерн», рубкой ПЛ 613 проекта, ялом (экспонаты открытой территории), а так же действующими катером и яхтами. Набережная исторического флота, расположенная в центре города Калининграда, является местом притяжения всех горожан и гостей города.